孔有德的叛军因为掌握了大量火器，山东的明军都不是他们的对手，他们还在等着招安，最终却等来了孙元化的死讯，他们失去了最后的希望，从此决心与大明为敌，局面彻底失控了。
其实，就在孙元化被捕入狱后，他也有机会可以不死。登州失陷时，朝中一帮人纷纷说孙元化已经反了，但他的恩师徐光启上疏代其申辩，表示孙元化不可能反叛，甚至愿以全家百口性命为担保。徐光启德高望重，孙元化接受审讯时，也坦露城破时曾试图自刎未遂，在场幸存者也为他作证。
但对他的攻击与诬陷并未停止。他们要置这位杰出的西洋火炮专家于死地，真正目标是攻击当初力荐孙元化的首辅周延儒。周延儒试图保下孙元化，但他一手提拔上来的副手温体仁，一直觊觎着首辅宝座。他一改以往对周延儒的恭敬，将他和孙元化扯在一起，狂轰滥炸，说周延儒袒护孙元化，是曾收过孙元化的好处。煽风点火成功了。温体仁阴就阴在摸准了崇祯帝的痛点：痛恨大臣结党营私。他一边让自己的“小圈子”不断攻击，另一方面成功地让崇祯帝认为孙元化在朝廷有一个“小圈子”。孙元化，不得不死了。
1633年6月，周延儒下台，托病还乡。温体仁如愿以偿，当上了首辅。此时，距离孙元化之死8个月。又过了不到半年，徐光启溘然长逝。
三、
历史很吊诡：当年孙元化一心想招抚而本人也希望被招抚的孔有德，最终成了大明王朝最可怕的掘墓人之一。孔有德与同样曾在孙元化麾下的耿仲明、尚可喜，均以汉人身份被清朝封王。在投奔孙元化之前，这三人均属于明军另一员重要将领毛文龙麾下。毛文龙为人骄恣，他的结果，众所周知：被袁崇焕杀掉了。
还是那个阴险的温体仁，他与毛文龙是同党，后者源源不断给他贿赂，结果因袁崇焕杀了毛文龙，断了这个重要财源，因此对袁恨之入骨。袁崇焕因敌人的反间计下狱后，温体仁连续五次上疏，以袁崇焕“欺皇上”“资敌私通”“引敌上驱”“胁城下之盟”的罪名，力请杀袁崇焕。兵部尚书梁廷栋与袁崇焕有私仇，也跳出来落井下石，终于得逞。
四、
崇祯帝极为痛恨党争，继位后不久，就捕杀阉党，一时赞誉四起，气象一新，崇祯被视为明君，他自己也认为自己是明君。但为什么他未能根绝党争，反而到了大明江山岌岌可危、农民军已经火烧凤阳明祖陵了，朝臣们仍然醉心于党争？
明史专家樊树志在《朝廷与党争》一书中认为：明末党争，是制度缺陷与管理者缺陷相互激荡的产物。明代中后期皇帝缺乏实务能力，过度依赖官僚体系，一旦双方意见冲突，官员们常以集体辞职相抗衡。在与皇帝的抗衡中，官员们找到了存在感，他们有动力将意见冲突动辄上升为观念冲突，因此形成观念先行、藐视实务的氛围。
崇祯这个皇帝当得辛苦，也很失败，他任人不专，猜忌多疑，朝令夕改，在位17年，连续换了50任内阁首辅，多位大臣被杀……他往往对一个大臣抱以厚望，但只要这位大臣未遂他意，有人攻击，便会动了杀念。那些热衷互掐的官员，深知崇祯最恨结党，于是用此罪名，往往一击而中。如此一来，君臣之间离心离德，官僚纷纷站队抱团取暖，彼此之间，哪还有信任可言？政治机制自然低能，统治能力大打折扣。
五、
孙元化临死前，给三个儿子的遗言是：不要怨恨朝廷，也不要出来当官，整理遗作，报效国家。三个儿子遵从了父亲遗愿。后来清军南下，孙元化的家乡，发生了惨烈的“嘉定三屠”，他的一个儿子英勇战死。他的《西法神机》《经武全书》留下来了，这是中国最早介绍西洋火器、战术的军事着作，可惜未能引起重视。孙元化之后，再也无人懂炮学，清朝康熙帝要造炮，还得仰仗洋人。
历史确实有太多让人欷歔之处，最令人欷歔的，还是人性——党争暴露出来的固执、狭隘与私心、贪欲。大智慧，真难得。