成语“一窍不通”出自《吕氏春秋·过理》：“纣性不仁，心不通，安于为恶，杀比干，故孔子言其一窍通则比干不见杀也。”意思是，纣王性格不仁义，心智不开明，对作恶感到心安理得，杀了比干。因此孔子说纣王只要有一窍通（有一点仁义之心），那么比干就不会被杀了。
因此，这个词语最早是用于骂商纣王的。不过，在先秦的《列子》中，也提到过一个“一窍不通”的人，却无贬义。
龙叔是春秋时宋国人，觉得自己生了病，就去找当时宋国的名医文挚。文挚要他说说病征，龙叔说：“我这病严重了。我受到地方上的赞誉，却不以为荣；受到举国的诋毁，也不觉羞耻。得而不喜，失而不忧；视生如死，视富如贫；住在自己家，却感觉在旅店。这些病搞得我很烦，爵位不能激励我，刑罚不能威逼我，利害不能改变我，悲欢不能打动我。这让我不能向国君尽忠，不能结交亲朋，不能约束妻儿，不能管理奴仆，这是什么病呢？有啥好方子能治呢？”
文挚听完，他让龙叔背着光站好，从他背后向着光亮处看了一会儿，笑着说：“我看到您的心了。您差不多是圣人了！您的心有六孔流通，一孔不达。或许您的病就是您把圣人的心智当病看。这种病不是我这种医术浅陋的人能治愈的。”
古人认为心有七窍，七窍皆通，则为圣人。在这里，“一窍不通”的意思，是说已通六窍，只有一窍不通，是褒义的。不过后来流传久了，又变成一窍也不通，成贬义了。大概是因为流传过程中，大家对这个词“望文生义”了吧。