孔奂是南朝梁、陈时期的官员，他为官清廉，为人刚直不阿，受到了众人的称颂。
孔奂年幼时就十分好学，文章写得很好，读遍了经史及诸子百家的着作。因为才华横溢，他被州里举荐为秀才，参加射策考试，成绩优异，于是进入朝廷担任尚书仓部郎中，后来又转任仪曹侍郎。
当时，左民尚书沈炯被匿名信所诽谤，将要被判重刑，事情牵连到朝廷的中枢机关，所以人人都躲得远远的，生怕受到牵连。但孔奂却挺身而出，在朝廷上发表议论申辩这件事，终于弄清了事实真相，为沈炯洗脱了罪名。通过这件事，人们看出了孔奂是一位仗义之人。
几年后，国中发生了侯景之乱，京城被侯景攻陷后，朝中的官员都被关押起来。有人把孔奂推荐给了乱兵主帅侯子鉴，侯子鉴命人把孔奂的脚链手铐去掉，给予他很好的待遇，命令他主管文书工作。
侯子鉴是侯景的心腹，所以朝廷的士大夫见到他，无不卑躬屈膝；只有孔奂傲然自若，一点没有低三下四之举。有人担心孔奂会惹麻烦，就劝他说：“现在是乱世，人人都想苟且偷生，免于灾祸。这些叛乱之徒全不懂得道理，您又怎能以节义来抗拒他们呢？”孔奂说：“我的生命既然存在，即使不能为大义而死，但又怎么可以献媚讨好凶恶不善之人以求得保全自己呢？”之后依然我行我素，不谄媚任何当权者。
侯景之乱平定后，陈霸先建立了陈朝，任命孔奂担任太子中庶子。永定二年，又任命他为晋陵郡太守。
晋陵郡自宋、齐以来，一向都是大郡，比较富裕，因此，先后在此担任太守的官员都巧取豪夺、搜刮百姓。孔奂担任太守后，却能清白自守，妻子儿女都不到任所，他独自一人乘单船到达郡治所在地，所得的官俸，用来扶助孤寡之人，因此深受百姓爱戴。
曲阿县有一个富人，叫殷绮，他见孔奂生活朴素节俭，就送给孔奂一套衣服、一具毡被，结果被孔奂谢绝了，孔奂对他说：“太守身居显禄之位，又何尝不能办到这些东西？只是老百姓处境尚未周全，不容我独自享受温饱罢了。有劳您的厚意，以后就请不要麻烦了。”这件事传开以后，人们都对孔奂称赞不已。
陈世祖继位后，任命孔奂为御史中丞，孔奂性格刚直，在御史中丞位置上，多次弹劾官吏的过失罪责，所以朝廷的官员对他很是敬怕。
孔奂性格耿直，对私相嘱托的事一概回绝，不管对方是什么身份。始兴王陈叔陵在湘州的时候，三番五次地暗示有关官员，坚持要求得到三公的尊位，私下里也恳求过孔奂，孔奂拒绝道：“三公的职位，本是以道德高尚为标准，未必是皇室之人就可以担任的。”非但如此，孔奂还把自己的想法告诉了高宗。高宗说：“始兴王怎么能够希望一下子位居三公？就是我的儿子要为三公，也应该在鄱阳王之后。”孔奂说：“臣下的意见和您一样。”
孔奂非但不给普通皇亲国戚面子，连太子的面子他也不给。太子想要任用江总担任太子詹事，就命令管记陆瑜对孔奂说这件事。孔奂对陆瑜说：“江总有潘岳、陆机的文采，却没有东园公、绮里季的才能，让他辅佐太子，我私下里认为是不够格的。”陆瑜回去把孔奂的话告诉了太子，太子非常愤怒，便亲自去对高宗说这件事。就在高宗要答应太子的时候，孔奂上奏道：“江总是一个富于文采的人，当今皇太子的文采也不少，岂要借助于江总？按臣下的愚见，希望选一位敦实稳重的人来辅导太子。”皇帝也认为孔奂说的有道理，但架不住太子的一再坚持，最后还是让江总担任了太子詹事。虽然孔奂的反对没能成功，但他敢于反对太子想法的行为，却被传为了佳话。他就是如此的耿直刚正。
孔奂是廉洁的榜样，一心为民、毫无私心；他耿直刚正、敢于犯言劝谏。一清如水，谏争如流，世代传颂，青史留名。